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2001—2012年，刘国恩教授作为大陆留美的首位学者担任国际药物经济学会（ISPOR）旗舰期刊《Value in Health》副主编；2013年起，刘国恩应邀担任健康经济学领域国际顶刊《Health Economics》副主编至今；2006年回国后，在中国农工领导人的大力支持下，刘国恩参与创刊了国家正式发行的第一本《中国药物经济学》期刊，并担任其主编至今；2009年，在中国药学会的支持推动下，“中国药物经济学专业委员会”成立，刘国恩出任主任委员至2023年；2015年，刘国恩牵头国内外50余位专家主编了首部《中国药物经济学评价指南》（2015），填补了中国医药技术经济评估方法学的空白。之后，他与专家组结合中国实际与国际前沿，进一步完成了中英双语版《中国药物经济学评价指南》（2020年版、2025年版），并经中国药学会审议批准为团体标准，标志着中国药物经济学评价体系的标准化建设迈上新台阶。同时，该指南受到国际药物经济学会的高度关注，并在其官网上作为中国官方指南特别推荐。
在国家医药卫生政策咨询方面，刘国恩深度结合学术研究与国家政策咨询工作，2011年起，他成为国务院医改专家咨询委员会连续三届的委员（2011至今）；2020年起，国家医保局开启医保药物目录年度更新调整、谈判工作，并正式建立专家评审机制，刘国恩应邀担任首届药物经济学专家组组长。2023年以来，刘国恩教授及其北大团队，联合中外多学科专家，全力以赴研发基于人工智能的“星球健康坐标系统”（Planetary Health Axis System—PHAS），旨在全景式绘制人类发展足迹与星球健康边界的时空关系图谱。
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